La Asociación Atlética de Escuelas Secundarias de Florida fue fundada el 9 de abril de 1920 por un grupo de 29 directores de escuelas secundarias que se reunieron en el campus de la Universidad de Florida en Gainesville. La organización fue fundada como la Asociación Atlética de Escuelas Secundarias de Florida. El nombre fue cambiado a Florida High School Activities Association en 1951. El nombre fue cambiado de nuevo a Florida High School Athletic Association en 2002.
Las 29 escuelas que se convirtieron en miembros fundadores fueron: Summerlin (Bartow), Clearwater, Mainland (Daytona Beach), Seabreeze (Daytona Beach), DeLand, Fort Lauderdale, Fort Myers, Gainesville, Duval (Jacksonville), Osceola (Kissimmee), Columbia (Lake City), Lakeland, Leesburg, Suwannee (Live Oak), Miami, Ocala, Orlando, Putnam (Palatka), Pensacola, Plant City, Quincy, Seminole (Sanford), Ketterlinus (St.Augustine), San Petersburgo, León (Tallahassee), Hillsborough (Tampa), Hardee (Wauchula), West Palm Beach y Winter Haven.
La primera Constitución limitaba la membresía a las escuelas públicas. Sin embargo, en 1930, se enmendó para abrir la membresía a escuelas privadas y parroquiales también.
En 1951, las escuelas miembros votaron para cambiar la palabra «atlético» por «actividades» en el nombre de la organización para que las actividades no atléticas, como la música y los programas del consejo estudiantil, también recibieran la supervisión adecuada a nivel estatal.
La Asociación se constituyó en 1962. Mientras que la carta de la asociación nunca había excluido específicamente la participación de estudiantes no blancos, ninguno de ellos participó hasta 1967, cuando la Escuela Secundaria Gibbs de raza negra no solo participó en baloncesto, sino que ganó el campeonato estatal. En 1968, la FIAA se disolvió. La FHSAA nunca ha incorporado de manera integral los logros de las escuelas secundarias negras en sus libros de registro.
En 1996, la FHSAA adoptó regulaciones que permiten a los estudiantes matriculados en programas de educación en el hogar participar en actividades interescolares. Las regulaciones más tarde permitirían que el futuro mariscal de campo del Trofeo Heisman Tim Tebow participara en el fútbol de secundaria; reglas similares adoptadas más tarde por otros estados se llamarían la «regla de Tebow».
En mayo de 1997, la Legislatura de la Florida reconoció por estatuto a la FHSAA como el órgano rector del atletismo interescolástico en la Florida, siempre que la Asociación cumpliera con las disposiciones de una reforma legislativa obligatoria de su estructura gubernamental.
El nombre fue cambiado de nuevo a Florida High School Athletic Association en 2002. En agosto de 2007, la FHSAA tenía 748 escuelas afiliadas.
En 2017, la asociación adoptó un método de puntos para clasificar a los equipos de fútbol para los playoffs del campeonato estatal. Los puntos se otorgan sobre la base de victorias y derrotas, registros de oponentes y registros de playoffs anteriores.