Rutherford se casó con el banquero venezolano Carlos Tarajano en junio de 2001. Rutherford solicitó el divorcio en enero de 2002, después de seis meses de matrimonio. La boda apareció poco después en la edición de febrero de 2002 de la revista InStyle.Rutherford se casó con su segundo marido, el empresario alemán Daniel Giersch, en agosto de 2006. Dio a luz a su primer hijo, Hermés Gustaf Daniel Giersch, en octubre de 2006.
Mientras estaba embarazada de su segundo hijo, Rutherford solicitó el divorcio de Giersch el 30 de diciembre de 2008. Rutherford y Giersch se involucraron posteriormente en una disputa de custodia de los hijos sobre su hijo y su hijo por nacer. Rutherford dio a luz a su segunda hija, Helena, en junio de 2009.
En agosto de 2009, Rutherford y Giersch llegaron a un acuerdo temporal de custodia física conjunta, en vigor hasta abril de 2010. Rutherford también obtuvo una orden de restricción temporal en su contra al mes siguiente.
Giersch de estados UNIDOS la visa fue revocada en abril de 2012, después de que el abogado de Rutherford informara al Departamento de Estado sobre asuntos relacionados con los negocios de Giersch, lo que llevó al Departamento a concluir que tenían pruebas suficientes para deportarlo.
Se ha informado que las acusaciones involucraban fraude o una participación en el tráfico de drogas y armas en América del Sur, considerado terrorismo bajo la Ley de Victoria. En consecuencia, Giersch no pudo entrar en los Estados Unidos y se estableció en Francia y Mónaco. En mayo de 2012, los hijos de Rutherford y Giersch fueron a Francia para pasar el verano con su padre. Rutherford pidió al tribunal que le concediera la custodia exclusiva para que pudiera mantener a los niños principalmente en los Estados Unidos después de su visita a Francia, ya que el acuerdo de custodia compartida vigente le exigía viajar con frecuencia para que Giersch pudiera pasar tiempo con los niños.
En agosto de 2012, en una decisión ampliamente divulgada, un juez de la Corte Superior de California dictaminó que el acuerdo de custodia 50/50 debe permanecer y que, debido a que Giersch no puede viajar a los Estados Unidos, los niños deben vivir en Francia con él y asistir a la escuela allí, con Rutherford viajando allí para visitarlos. Aunque Rutherford se opuso a la decisión y solicitó una suspensión de los procedimientos mientras apelaba, su solicitud fue denegada y se dictaminó que, en dos años, su elegibilidad para ingresar a los Estados Unidos y el consiguiente bienestar de los niños serán reevaluados.
En junio de 2013, Rutherford se declaró en bancarrota, declarando que tenía deudas de aproximadamente 2 2 millones, principalmente debido a los fees 1.5 millones que gastó en honorarios legales relacionados con el divorcio y la disputa de custodia con Giersch.
En mayo de 2015, Rutherford recibió la custodia exclusiva temporal de sus hijos, a raíz de una decisión de que tanto su hijo como su hija fueran devueltos a los Estados Unidos desde Mónaco, donde habían estado viviendo con su padre desde 2012. El 23 de julio de 2015, un juez de California dictaminó que California no tenía jurisdicción sobre el caso de custodia de los hijos de Rutherford porque ella reside en Nueva York, y a su ex esposo se le otorgó nuevamente la custodia.
Rutherford presentó un caso en Nueva York, pero el 27 de julio de 2015, el tribunal de Nueva York dictaminó que tampoco tenía jurisdicción.
En diciembre de 2015, los tribunales de Mónaco reconfirmaron que la custodia total permanecía en manos del padre de los niños, y Rutherford concedió amplios derechos de visita en Francia y Mónaco, así como información compartida sobre «salud, escolarización, educación religiosa y cualquier cambio de residencia».