La decisión
El presidente del tribunal supremo reconoció el dilema que el caso planteaba al tribunal. Si el tribunal emitiera el mandamiento judicial, Jefferson podría simplemente ignorarlo, porque el tribunal no tenía poder para ejecutarlo. Si, por el contrario, el tribunal se negara a emitir el auto, parecería que el poder judicial del gobierno se había retractado ante el ejecutivo, y que Marshall no lo permitiría. La solución que eligió se ha denominado correctamente un tour de force. De un solo golpe, Marshall logró establecer el poder de la corte como el árbitro final de la Constitución, para castigar a la administración Jefferson por su incumplimiento de la ley y evitar que la autoridad de la corte fuera impugnada por la administración.
Marshall, adoptando un estilo que marcaría todas sus opiniones principales, redujo el caso a unos pocos temas básicos. Hizo tres preguntas: (1) ¿Tiene Marbury derecho a la comisión? (2) Si lo hizo, y su derecho había sido violado, ¿le proporcionó la ley un recurso? (3) Si así fuera, ¿sería el remedio adecuado un mandamiento de la Corte Suprema? La última cuestión, la crucial, se refiere a la competencia de la corte, y en circunstancias normales se habría respondido primero, ya que una respuesta negativa habría obviado la necesidad de decidir sobre las demás cuestiones. Pero eso le habría negado a Marshall la oportunidad de criticar a Jefferson por lo que el presidente de la corte suprema vio como el incumplimiento de la ley por parte del presidente.
Siguiendo los argumentos del abogado de Marbury sobre las dos primeras preguntas, Marshall sostuvo que la validez de una comisión existía una vez que un presidente la firmaba y la transmitía al secretario de Estado para que colocara el sello. La discrecionalidad presidencial termina allí, ya que se ha tomado la decisión política, y el secretario de Estado solo tiene una tarea ministerial que cumplir: la comisión. En que la ley lo obligaba, como a cualquier otra persona, a obedecer. Marshall hizo una distinción cuidadosa y larga entre los actos políticos del presidente y del secretario, en los que los tribunales no tenían por qué interferir, y la simple ejecución administrativa que, regida por la ley, el poder judicial podía revisar.Habiendo decidido que Marbury tenía derecho a la comisión, Marshall pasó a continuación a la cuestión de la reparación, y una vez más falló a favor del demandante, sosteniendo que «tener este título legal a la oficina, tiene un derecho consecuente a la comisión, una negativa a entregar que es una violación flagrante de ese derecho, para lo cual las leyes de su país le ofrecen un recurso. Después de castigar a Jefferson y Madison por «apartar los derechos adquiridos de los demás», Marshall abordó la tercera pregunta crucial. Aunque podría haber sostenido que el recurso adecuado era un mandamiento judicial del Tribunal Supremo—porque la ley que había otorgado al tribunal la facultad de dictar un mandamiento en la jurisdicción original (en lugar de la de apelación), la Ley del poder judicial de 1789, seguía en vigor—, declaró en cambio que el tribunal no estaba facultado para dictar un mandamiento de esa índole, porque la disposición pertinente de la ley era inconstitucional. El artículo 13 de la ley, argumentó, era incompatible con el artículo III, sección 2, de la Constitución, que establece en parte que «el Tribunal supremo tendrá jurisdicción original» en «todos los casos que afecten a Embajadores, otros Ministros públicos y Cónsules, y aquellos en los que un Estado sea Parte», y que «en todos los demás casos antes mencionados, el Tribunal supremo tendrá jurisdicción de apelación.»Al entregar así el poder derivado del estatuto de 1789 (y darle a Jefferson una victoria técnica en el caso), Marshall ganó para la corte un poder mucho más significativo, el de revisión judicial.