Kelly hizo su debut como actriz profesional en la película para televisión Love, Lies and Murder, interpretando a la adolescente Cinnamon Brown, que fue coaccionada por su padre para matar a su esposa y a su madrastra, Linda Brown. Originalmente iba a tener un papel protagonista como Polly Pry en Cannibal de Trey Parker y Matt Stone. El Musical, pero Kelly fue convencida de no hacerlo por su agente por la preocupación de que podría arruinar su carrera, y finalmente fue reemplazada por Toddy Walters, aunque todavía se le acreditó en los créditos finales bajo sus iniciales » M. K.»como» el Desertor». Luego tuvo pequeños papeles en las películas The Boy Who Cried Bitch, Hi-Life y Billy Bathgate antes de ser elegida como Donna Hayward en Twin Peaks: Fire Walk with Me. Para esa película, se fue a casa y obtuvo el permiso de su sacerdote debido a una escena de sexo explícita. En el mismo año, protagonizó junto a D. B. Sweeney en la comedia romántica La vanguardia y juega dos papeles junto a Robert Downey, Jr., en Chaplin. Según una entrevista de TV Guide, antes de asumir su papel en Daybreak, Kelly volvió a pedirle consejo a su sacerdote: «Siendo católica, me preguntaba si sería contrario a mi religión interpretar a una chica que tiene relaciones sexuales prematrimoniales.»El sacerdote le dijo:» estaba bien, siempre y cuando mis intenciones artísticas fueran ciertas y no lo hiciera por la notoriedad o el dinero.»
Desde entonces ha aparecido en las películas Con Honores, Little Odessa, The Tie That Binds y Dangerous Beauty, entre otras, y proporcionó la voz adulta de Nala en El Rey León de Disney, El Rey León II: El orgullo de Simba y El Rey León 1½. En su carrera cinematográfica independiente, Kelly tuvo el papel protagonista de la activista Dorothy Day en Entretener a los ángeles: La historia de Dorothy Day y protagonizada junto a Glenn Close en La seguridad de los objetos. Interpretó a Helen Keller en la película para televisión Monday After the Miracle, que se emitió el 15 de noviembre de 1998 en CBS.
Kelly protagonizó el drama de la CBS Para tener& para mantener junto a Jason Beghe antes de interpretar a Mandy Hampton en la primera temporada de The West Wing. En 2003, Kelly comenzó a interpretar a la madre soltera Karen Roe en el drama adolescente One Tree Hill. También dirigió dos episodios de la serie: «Resolve» (2007) y» I Sleeped with Someone in Fall Out Boy and All I Got Was This Stupid Song Written About Me » (2006). En la quinta temporada, dejó de ser un miembro regular del elenco, pero hizo apariciones especiales en el episodio 100 y el final de la sexta temporada. Ha hecho apariciones especiales en programas de televisión como Heroes, Law & Order, y Numb3rs. Kelly también ha aparecido en las películas Remember the Daze, A Smile as Big as the Moon, Taken Back: Finding Haley y Girl in the Bunker.