En N, el jugador controla a un ninja que navega por los niveles basados en fichas al tiempo que evita peligros, recoge oro y, finalmente, abre una puerta de salida que completa el nivel. El juego incluye cuatro teclas: una tecla de movimiento a la izquierda (flecha izquierda predeterminada), una tecla de movimiento a la derecha (flecha derecha predeterminada), salto (tecla de cambio predeterminada, aunque la tecla z es una alternativa común) y suicidio (tecla k predeterminada). Las combinaciones de movimiento y salto en varios tipos de terreno permiten al ninja realizar una variedad de movimientos, como saltar de pared a pared, subir pendientes verticales y deslizarse por superficies empinadas.
La versión 1.4 de N contiene 100 episodios (numerados del 00 al 99), mientras que la versión 2.0 contiene 120 episodios (debido a que dos columnas de bonificación se pueden desbloquear después de completar los episodios del juego principal). Cada episodio en todas las iteraciones del juego cuenta con cinco niveles (numerados del 0 al 4). N también admite niveles hechos por el usuario. Esto se hace a través de un editor de niveles integrado llamado Ned, o el «Editor N». Los niveles se pueden añadir a un juego modificando un archivo de texto que acompaña al juego y que contiene datos a nivel de usuario.
N 1.4 tiene un total de 500 mapas, 450 de los cuales están hechos por Metanet Software; 2.0 contiene 600 niveles, 500 de los cuales están hechos por Metanet Software. Los 50 niveles restantes en 1.4 son niveles de usuario mencionados anteriormente que fueron seleccionados a mano por Metanet en 2005, mientras que los 100 niveles restantes en 2.0 fueron niveles hechos por el usuario seleccionados por un panel de fanáticos a finales de 2012 y finalizados por Metanet Software en 2013. (El equipo detrás de la selección de la lista de finalistas se enumeró en los créditos del juego bajo sus respectivos alias. El objetivo de cada nivel es activar el interruptor y salir por la puerta que se abre dentro del límite de tiempo. Algunos niveles tienen más de una salida y un interruptor asociado, lo que le da al jugador más libertad para decidir su ruta y método para completar el mapa. Cada episodio tiene un límite de tiempo acumulativo. Al principio del nivel 0, el jugador tiene 90 segundos para completar los siguientes cinco niveles. El límite de tiempo del episodio se puede aumentar recolectando oro, que agrega dos segundos por pieza. El tiempo que queda al final de cada nivel se traslada al siguiente nivel. La única excepción es el nivel final, en el que el tiempo restante se convierte en la puntuación de ese episodio.