En septiembre de 2017, Khan fue acusado de interacciones en línea inapropiadas con numerosas mujeres, como se informó en un artículo en el periódico Nacional. Estas acusaciones se repitieron en periódicos internacionales; Khan respondió que las conversaciones de texto filtradas eran «entre adultos consentidos» y que las mujeres eran prospectos de matrimonio, señalando que había estado divorciado durante dos años. En diciembre de 2017, BuzzFeed News publicó un artículo sobre lo que llamó las actividades de «abuso espiritual» de Khan, afirmando que sin éxito hizo que abogados pidieran a cuatro clérigos compañeros que no publicaran una declaración conjunta en referencia a «matrimonios secretos falsos». Un artículo en The Atlantic señaló una reacción violenta contra las mujeres que habían acusado a Khan de mala conducta.
En octubre de 2017, un comité compuesto por varios académicos islámicos y líderes comunitarios, incluidos aquellos que han ocupado puestos de liderazgo en la Sociedad Islámica de América del Norte, consejeros y profesionales de la salud mental, emitió una declaración después de realizar su propia investigación sobre el asunto. Entre los integrantes del grupo figuraban Aisha Al-Adawiya, Salma Abugideiri, Tamara Gray, Altaf Husain, Mohamed Magid e Ingrid Mattson. El comité declaró: «Es con el corazón apesadumbrado que confirmamos que el Hno. Nouman ha cometido violaciones significativas de confianza, abuso espiritual y comportamiento poco ético. El comité recomendó que Khan se enfrentara a las consecuencias de sus acciones, y … tomar un descanso de la vida pública para obtener asesoramiento y realizar actos de expiación.”