Una vez despolimerizado el paraformaldehído, el formaldehído resultante se puede utilizar como fumigante, desinfectante, fungicida y fijador. Los polioximetilenos de mayor longitud de cadena (alto peso molecular) se utilizan como termoplásticos y se conocen como plástico de polioximetileno (POM, Delrin). Se utilizó en el pasado en el desacreditado método Sargenti de tratamiento de conducto radicular.
El paraformaldehído no es un fijador; debe despolimerizarse a formaldehído en solución. En el cultivo celular, un procedimiento típico de fijación de formaldehído implicaría el uso de una solución de formaldehído al 4% en solución salina tamponada con fosfato (PBS) en hielo durante 10 minutos. En la preparación de muestras de histología y patología, por lo general, la etapa de fijación se realiza utilizando formalina tamponada neutra al 10% (4% de formaldehído) durante, al menos, 24 horas.
El paraformaldehído también se usa para reticular proteínas al ADN, como se usa en ChIP (inmunoprecipitación de cromatina), que es una técnica para determinar a qué parte del ADN se unen ciertas proteínas.
El paraformaldehído se puede utilizar como sustituto del formaldehído acuoso para producir el material aglutinante resinoso, que se usa comúnmente junto con melamina, fenol u otros agentes reactivos en la fabricación de tableros de partículas, tableros de fibra de densidad media y madera contrachapada.