Ahora uno de los pocos cementerios que quedan en San Francisco, el pequeño cementerio de la misión Dolores fue una vez parte de un cementerio mucho más grande, el lugar de descanso final de fundadores de la ciudad, criminales y miles de nativos americanos Ohlone.
Oficialmente conocido como el cementerio de San Francisco de Asís, el cementerio más antiguo de San Francisco (contiguo al edificio más antiguo de la ciudad, Misión Dolores) originalmente se extendía hasta lo que ahora es Church Street y la calle 16. La misión se estableció en 1776, mucho antes de que la pequeña ciudad de San Francisco se inundara de buscadores de oro, y se expandiera hacia las dunas para rodear el sitio. En varias etapas, a partir de 1889, el tamaño de la parcela del cementerio se redujo, en algunos casos trasladando los restos a fosas comunes, en otros reubicándolos en otros cementerios, hasta que finalmente el modesto sitio es todo lo que ahora permanece.
Los sitios funerarios sin marcar de los aproximadamente 5,000 nativos Ohlone enterrados en la Misión se recuerdan con una estatua de una doncella Mohwok, Kateri Tekawitha, con el mensaje «En la memoria de oración de nuestros fieles indios», así como plantaciones de plantas nativas y un ejemplo de una casa de juncos nativa.
Notables de San Francisco enterrados en la Misión Dolores incluyen al primer gobernador mexicano de Alta California, el capitán Luis Arguello, Don Francisco De Haro, el primer alcalde de San Francisco, y William Leidesdorf, uno de los primeros hombres de negocios influyentes de la ciudad. Menos glamuroso pero no menos notorio en su tiempo, el cementerio de la Misión también es el hogar de las víctimas de los Comités de Vigilancia de la ciudad, cruzados despiadados contra el crimen desenfrenado en los primeros días de la ciudad. El boxeador y rellenador de urnas James Yankee Sullivan, el político y asesino* James P Casey (que fue colgado junto con su cohorte el jugador Charles Cora por los partidarios del editor de periódicos y reformador social James King of William a quien disparó) y la notoria madam Arabella (esposa de Charles) están enterrados en la Misión. La tumba y espectacular monumento de James King of William se trasladó de San Francisco junto con la mayoría de los otros cementerios a principios de 1900 y todavía se puede recorrer en su nueva ubicación en Cypress Lawn Memorial Park. El cementerio con forma de jardín ha sido restaurado recientemente y está abierto a los visitantes a través de la tienda de regalos de la Misión.
*El 14 de mayo de 1856, Casey detuvo a King en San Francisco y le disparó. Murió unos días después. Casey fue arrestado y linchado junto con Cora por el Comité de Vigilancia de San Francisco. James King of William fue enterrado originalmente en el Cementerio Lone Mountain, pero más tarde fue trasladado al Cypress Lawn Memorial Park después de que los cementerios fueran desalojados de los límites del condado de San Francisco.