La hidrólisis de proteínas es una ruta útil para el aislamiento de aminoácidos individuales. Los ejemplos incluyen la cistina de la hidrólisis del cabello, el triptofano de la caseína, la histidina de los glóbulos rojos y la arginina de la gelatina.
Los productos hidrolizados comunes utilizados en los alimentos son proteína vegetal hidrolizada y extracto de levadura, que se utilizan como potenciadores del sabor porque la hidrólisis de la proteína produce ácido glutámico libre. Algunos polvos hidrolizados de proteína de carne de res se utilizan para dietas especializadas.
La hidrólisis de proteínas se puede utilizar para modificar las propiedades alergénicas de la fórmula para bebés. La reducción del tamaño de las proteínas de la leche de vaca en la fórmula la hace más adecuada para el consumo de bebés que sufren intolerancia a las proteínas de la leche. La FDA de los Estados Unidos aprobó una etiqueta para este uso de proteínas parcialmente hidrolizadas en 2017, pero un meta-análisis publicado el mismo año muestra evidencia insuficiente para este uso.
La proteína hidrolizada también se utiliza en ciertos alimentos hipoalergénicos especialmente formulados para mascotas, especialmente alimentos para perros para perros y cachorros que sufren alergias causadas por ciertos tipos de proteínas en marcas comerciales estándar de alimentos para perros. El contenido de proteínas de los alimentos se divide en péptidos, lo que reduce la probabilidad de que el sistema inmunitario de un animal reconozca una amenaza alérgica. Las dietas hidrolizadas de proteínas para gatos a menudo se recomiendan para felinos con alergias alimentarias y ciertos tipos de problemas digestivos.