El sistema político Tokugawa fue quizás el sistema feudal más complejo jamás desarrollado. Era similar al sistema feudal europeo (papa, emperador o rey, barones feudales y sirvientes en Europa en comparación con el emperador, el shogun, el daimyo y los sirvientes samurái en Japón), pero también era muy burocrático, un atributo no asociado con el feudalismo europeo.
Este sistema político fue llamado el sistema bakuhan. Bakú proviene del bakufu, que era el gobierno que los líderes Tokugawa usaban para administrar sus asuntos privados dentro de su propio feudo. Han significa dominio y se refiere a los más de 250 dominios que existieron durante el período Edo. Por lo tanto, bakuhan se refiere a la coexistencia del gobierno Tokugawa con gobiernos separados e independientes en cada uno de los feudos. Dado que cada daimyo era un sirviente del shogun, el bakufu o shogunato tenía algún poder en todo Japón. No se trataba de un sistema federal, ni siquiera de una jerarquía centralizada de autoridades políticas; se trata más bien de un sistema en el que existen dos niveles de gobierno con un alto grado de independencia.
El shogunato Tokugawa se parecía mucho a cualquier gobierno de dominio en que era responsable primero de la administración de un territorio limitado, el feudo de la casa Tokugawa. Como tal, se ocupaba del control de la clase samurái, la recaudación de impuestos (principalmente en la agricultura), el mantenimiento del orden civil, la defensa del feudo, el control de las ciudades, el fomento del comercio y la fabricación que eran requeridos por el feudo, la limitación de los tipos de comercio indeseables, etc. En la mayoría de los ámbitos, el alcance del gobierno era similar. De hecho, a medida que avanzaba el período Edo, la mayoría de los dominios copiaron el sistema del shogunato.
El shogunato Tokugawa también tenía responsabilidades y preocupaciones que iban más allá de los dominios ordinarios; los shogunos Tokugawa eran, después de todo, hegemones que presidían todo un país.
El gobierno Tokugawa solo se ocupaba de la corte imperial, la nobleza imperial y el propio emperador. El emperador era la fuente de legitimidad ya que el cargo de shogun era un nombramiento imperial. Además, el confucianismo, que era la ideología oficial de la casa Tokugawa durante el período Edo, centró la atención en el emperador. Así, el shogunato Tokugawa estableció el monopolio del acceso a la corte imperial. A medida que avanzaba el período, se rompió el monopolio, pero es esencialmente cierto que los Tokugawa controlaban y manipulaban la corte para sus propios fines.
El shogunato tenía casi el monopolio del comercio exterior y los asuntos exteriores. El monopolio comercial era importante porque las ganancias significativas estaban disponibles solo para los Tokugawa. El comercio exterior también estaba permitido a través del dominio de Satsuma al reino Ryukyu (Okinawa) y a través del dominio de Tsushima a Corea, pero en términos generales los asuntos diplomáticos estaban estrechamente controlados por los Tokugawa.
Las relaciones exteriores eran cruciales porque el control de ellas hacía una declaración al público político de que la casa Tokugawa tenía el control de todos los aspectos del gobierno; era una fuente adicional de legitimidad. En línea con esto, el shogunato Tokugawa restringió el contacto diplomático al prohibir que cualquier europeo, excepto los holandeses, viniera a Japón después de 1639; esta era la política de aislamiento nacional (sakoku). Pero incluso el aislamiento era un ejercicio de poder que impresionaba a los observadores y alentaba la sumisión.
Quizás el papel más importante del shogunato era el control de los dominios, los han. Esto era precisamente lo que faltaba en el período de los Estados en guerra, la capacidad de la autoridad central para imponer la paz. Durante los cuarenta años anteriores al período Edo, los tres unificadores, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi y Tokugawa Ieyasu, desarrollaron un sistema que demostró ser cada vez más capaz de garantizar la lealtad y obediencia de los vasallos. El shogunato Tokugawa tomó esta experiencia previa y la perfeccionó a la perfección.
Los elementos de este sistema incluían una red policial y de espionaje que informaba de cualquier actividad sospechosa de samuráis o daimyo. Los daimyo estaban obligados a informar al shogunato de cualquier propuesta de alianza matrimonial entre dominios para su aprobación. El contacto entre dominios estaba prohibido para reducir las oportunidades de conspirar contra el shogunato. El número de castillos, su tamaño y su fuerza eran muy limitados.
El shogunato podría castigar a los daimyo por sus transgresiones de diversas maneras; un dominio se podía reducir en tamaño, el daimyo se podía cambiar a un dominio completamente diferente, o, la sanción final, se podía exigir el suicidio, quizás con el castigo adicional de su linaje reducido en estado a un nivel no daimyo.
El aspecto más importante del sistema de control de los han fue el sistema sankin-kotai, o el sistema de residencia alternativa en Edo. Esto surgió de la práctica del período de los Estados en Guerra de exigir rehenes de alto rango de vasallos o aliados para garantizar un buen comportamiento. El fundador del shogunato, Tokugawa Ieyasu, fue rehén durante casi 13 años de joven.
Los Tokugawa, sin embargo, formalizaron el mantenimiento de rehenes. Establecieron reglas que especificaban para cada daimyo un período de tiempo cada año (o dos o tres) durante el cual el daimyo debe vivir en Edo. La familia del daimyo tendría que vivir en Edo cuando el daimyo regresara a su dominio, para que el uno se quedara como rehén del otro.
Esto no solo proporcionó rehenes, sino que también supuso una carga económica para el daimyo que drenó recursos que de otro modo podrían haberse dedicado a los preparativos militares contra el shogunato. El daimyo tuvo que mantener una gran residencia e instalaciones de apoyo en Edo, así como en su dominio. También tuvieron que viajar hacia y desde Edo a lo largo de una ruta dictada por el shogunato. La mayoría viajaba en el Tokaido porque el Nakasendo era utilizado por la corte imperial, pero la carga general se repartía entre los dos caminos. Todo el sistema consumió alrededor del 25% de los ingresos disponibles para la mayoría de los daimyo.
El shogunato era solo una parte del sistema bakuhan, sin embargo, los dominios eran el otro. Los dominios eran independientes con respecto a sus arreglos internos, siempre y cuando no hubiera conflicto con los intereses del shogunato. En la práctica, los dominios duplicaban voluntariamente el sistema de gobierno del shogunato en gran medida porque los intereses y problemas de un daimyo a su nivel eran similares a los del shogunato: cómo mantener la estabilidad y el orden. Además, los poderes que el shogunato ejercía sobre los dominios tenían el efecto de obligar a los dominios a comportarse de la misma manera, ya que se enfrentaban a los mismos requisitos.
Por ejemplo, todos los dominios importantes mantenían operaciones comerciales en Osaka, el mercado nacional, con el fin de vender arroz y otros productos básicos para recaudar el dinero en efectivo requerido por el sistema de asistencia alternativa. Esta estandarización hizo mucho para reducir las diferencias regionales y los antagonismos potenciales a lo largo del período Edo.
Al igual que el shogunato, los daimyo tenían un gran interés en pacificar y controlar a sus súbditos y al general samuraiin. A finales del siglo XVI, Toyotomi Hideyoshi desarmó a los campesinos a través de una serie de cacerías de espadas con la intención de reducir su contribución a la agitación y vincularlos a la actividad agrícola. En los años posteriores a 1588, los samuráis fueron retirados progresivamente de sus feudos independientes en el campo y llevados a los castillos de los daimyos para vivir. Los samuráis se separaron del campesinado tanto en su papel social como en su lugar de residencia.