La Universidad fue fundada como Colegio Bíblico de San José en 1939, en San José, por William Jessup, el primer Presidente de la escuela. Eugene Claremont Sanderson había comenzado originalmente una escuela llamada Universidad Bíblica Evangélica en San José en 1934, pero no pudo hacerla viable. Como resultado, reclutó a William Jessup, uno de sus antiguos estudiantes para hacerse cargo. En 1951, con la expansión de la escuela y la invasión de la Universidad Estatal de San José al otro lado de la calle, el Colegio Bíblico de San José se mudó a una parcela bordeada por Coyote Creek, la calle 12 y casi 30 años más tarde por la I-280. Los edificios de aulas de estilo español y varios edificios de dormitorios formaban el pequeño campus.william Jessup se retiró en 1960 y fue sucedido por Alvan L. Tiffin. Más tarde, Woodrow Phillips, un ex alumno, fue presidente de 1968 a 1979 y Chuck Boatman fue presidente de 1979 a 1984. Dr. Bryce Jessup, ex alumno de la Universidad de Pepperdine e hijo del presidente original, fue presidente de 1984 a 2010, cuando se jubiló. El Dr. John Jackson fue seleccionado para ser el sexto Presidente en marzo de 2011.
En 1989, la escuela pasó a llamarse San Jose Christian College y fue acreditada regionalmente por WASC en 2002. Como la administración no pudo encontrar una nueva ubicación en el Valle de Santa Clara, se decidió mudarse a la ciudad metropolitana de Sacramento de Rocklin en abril de 2003. La Universidad se mudó oficialmente de su campus de San José en junio de 2004. En este momento, el colegio pasó a llamarse Universidad William Jessup. Se ha conservado un campus filial en San José que atiende principalmente a estudiantes no tradicionales y de posgrado.
La ubicación actual era anteriormente una fábrica de muebles de Herman Miller, y muchos de los edificios fueron diseñados por Frank Gehry.