normaalifaasikromatografiassa stationäärifaasi on polaarinen ja liikkuva faasi on ei-polaarinen. Käänteisfaasissa tilanne on juuri päinvastainen; stationäärifaasi on ei-polaarinen ja liikkuva faasi polaarinen. Tyypillisiä stationäärifaaseja normaalifaasikromatografiassa ovat piidioksidi eli orgaaniset osat, joissa on syano-ja aminofunktionaalisia ryhmiä. Käänteisfaasissa ensisijainen stationäärifaasi on alkyylihiilivedyt; oktadekyyli (C18) on yleisin stationäärifaasi, mutta joissakin sovelluksissa käytetään myös oktyyliä (C8) ja butyyliä (C4). Käänteisfaasimateriaalien nimitykset viittaavat hiilivetyketjun pituuteen.
normaalifaasikromatografiassa vähiten polaariset yhdisteet eluuttautuvat ensimmäisenä ja eniten polaariset yhdisteet eluuttautuvat viimeisenä. Liikkuva faasi koostuu ei-polaarisesta liuottimesta kuten heksaanista tai heptaanista sekoitettuna hieman polaarisempaan liuottimeen kuten isopropanoliin, etyyliasetaattiin tai kloroformiin. Retentio vähenee, kun polaarisen liuottimen määrä liikkuvassa faasissa kasvaa. Käänteisfaasikromatografiassa polaarisimmat yhdisteet eluoituvat ensin ja epäolaarisimmat yhdisteet eluoituvat viimeisenä. Liikkuva faasi on yleensä veden ja sekoittuvan polaarisen orgaanisen liuottimen, kuten metanolin, asetonitriilin tai THF: n, binäärinen seos. Retentio lisääntyy, kun polaarisen liuottimen (veden) määrä liikkuvassa faasissa kasvaa. Orgaanisiin liuottimiin helposti liukenevien liuosten, kuten amiinien, happojen, metallikompleksien jne.määritykseen käytetään adsorptiivista normaalifaasikromatografiaa.. Käänteisfaasikromatografiaa, jakaantumismekanismia, käytetään tyypillisesti ei-polaaristen erojen erottamiseen.
”hydridipinta” erottaa tukimateriaalin muista piidioksidimateriaaleista; useimpien kromatografiassa käytettävien piidioksidimateriaalien pinta koostuu pääasiassa silanoleista (-Si-OH). ”Hydridipinnalla” terminaaliryhmät ovat ensisijaisesti-Si-H. hydridipinta voidaan funktionalisoida myös karboksyylihapoilla ja pitkäketjuisilla alkyyliryhmillä. Anpc: n liikkuvat faasit perustuvat orgaaniseen liuottimeen (kuten metanoliin tai asetonitriiliin), jossa on pieni määrä vettä; näin liikkuva faasi on sekä ”vesipitoinen” (vesi on läsnä) että ”normaali” (vähemmän polaarinen kuin stationäärifaasi). Näin polaariliuokset (kuten hapot ja amiinit) säilyvät voimakkaimmin, ja retentio vähenee liikkuvassa faasissa olevan veden määrän kasvaessa.
liikkuvassa faasissa olevan ei-polaarisen komponentin määrän on tyypillisesti oltava 60% tai suurempi, jolloin retention tarkka piste kasvaa riippuen liukenemisesta ja liikkuvan faasin orgaanisesta komponentista. Todellinen ANP-stationäärifaasi pystyy toimimaan sekä käänteisfaasissa että normaalifaasitilassa vain eluentin vesimäärä vaihtelee. Näin voidaan käyttää liuottimien jatkumoa 100-prosenttisesta vesipitoisesta puhtaaseen orgaaniseen. ANP-retentio on osoitettu useille polaarisille yhdisteille hydridipohjaisissa stationäärifaaseissa. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että silikahydridimateriaaleilla on hyvin ohut vesikerros (noin 0,5 yksikerroksista) verrattuna HILAFAASIIN, joissa voi olla 6-8 yksikerroksista. Lisäksi hydridifaasien pinnalla oleva merkittävä negatiivinen varaus johtuu silanolien sijaan hydroksidi-ioni-adsorptiosta liuottimesta.