Endémique de la moitié inférieure du Mékong, ce poisson-chat est en danger d’extinction en raison de la surpêche, ainsi que de la diminution de la qualité de l’eau due au développement et aux barrages en amont. Une étude de 2018 suggère que les stocks du Mékong pourraient chuter jusqu’à 40% à la suite des projets de barrages. La Liste rouge actuelle de l’UICN pour les poissons classe l’espèce en danger critique d’extinction; le nombre de personnes vivant à l’état sauvage est inconnu, mais les données de capture indiquent que la population a chuté de 80% au cours des 14 dernières années. Il est également inscrit à l’annexe I de la CITES, interdisant le commerce international de spécimens capturés à l’état sauvage.
Dans le Livre de cuisine des Anthropologues (1977), Jessica Kuper a noté l’importance du pa beuk pour le peuple laotien et a fait remarquer: « Autrefois, cet énorme poisson, que l’on ne trouve que dans le Mékong, était assez abondant, mais au cours des dernières années, le nombre de prises annuelles a diminué à quarante, trente ou vingt, et peut-être encore moins en 1976. C’est triste, car c’est un poisson noble et mystérieux, vénéré par les Laos. »En 2000, les pêcheurs ont sorti 11 poissons-chats géants. En 2001, ils en ont attrapé sept. En 2002, ils n’en ont attrapé que cinq.
La pêche du poisson-chat géant du Mékong est illégale à l’état sauvage en Thaïlande, au Laos et au Cambodge, mais les interdictions semblent inefficaces et le poisson continue d’être pêché dans les trois pays. Cependant, en reconnaissance de la menace qui pèse sur l’espèce, près de 60 pêcheurs thaïlandais ont accepté de cesser de capturer le poisson-chat en voie de disparition en juin 2006, à l’occasion du 60e anniversaire de l’ascension de Bhumibol Adulyadej sur le trône de Thaïlande. La Thaïlande est le seul pays à autoriser la pêche de stocks privés de poisson-chat géant du Mékong. Cela aide à sauver l’espèce, car les lacs achètent les petits alevins du programme de reproduction gouvernemental, générant des revenus supplémentaires qui permettent au programme de reproduction de fonctionner. Les lacs de pêche, tels que Bueng Samran ( Buรรราญ) à Bangkok, ont l’espèce jusqu’à 140 kg (310 lb). La taille la plus courante débarquée est de 18 kg (40 lb), bien que certaines entreprises se spécialisent dans le débarquement des plus gros poissons.
L’espèce doit atteindre 50-70 kg (110-150 lb) pour se reproduire, et elle ne se reproduit pas dans les lacs. Le Département thaïlandais des Pêches a mis en place un programme de reproduction pour réapprovisionner le Mékong. De 2000 à 2003, environ 10 000 spécimens élevés en captivité ont été relâchés par les autorités thaïlandaises. Les spécimens sont relâchés dans des réservoirs plutôt que dans le Mékong lui-même.
Le poisson-chat géant du Mékong est décrit comme un exemple contemporain de surexploitation. Des millions de tonnes de poissons sont récoltées chaque année au Cambodge, les poissons de frai étant surexploités. La fragmentation causée par les barrages constitue de plus en plus une menace pour les larves de poissons. Les tendances de l’utilisation de l’eau, de la production d’énergie, de la consommation et de la dégradation de l’environnement qui y est associée devraient continuer d’augmenter en Asie du Sud-Est. Le poisson-chat géant du Mékong est un grand migrateur nécessitant de grandes étendues de fleuve pour des voyages saisonniers et des conditions environnementales spécifiques dans leurs zones de frai et de reproduction.
Le Fonds Mondial pour la Nature (WWF) travaille en partenariat avec d’autres organisations, notamment la Commission du Mékong et la Banque asiatique de développement, qui vise à faire en sorte que les impacts environnementaux et sociaux soient pris en compte dans le développement des infrastructures hydroélectriques. Il met également en œuvre des projets dédiés à la conservation, à la recherche, au suivi et à la sensibilisation au poisson-chat géant du Mékong.