Endémico de la mitad inferior del río Mekong, este bagre está en peligro de extinción debido a la sobrepesca, así como a la disminución de la calidad del agua debido al desarrollo y la represa río arriba. Un estudio de 2018 sugiere que las poblaciones del Mekong podrían caer hasta un 40% como resultado de proyectos de represas. La actual Lista Roja de peces de la UICN clasifica a las especies como en Peligro Crítico de Extinción; se desconoce el número de especies que viven en la naturaleza, pero los datos de captura indican que la población ha disminuido en un 80 por ciento en los últimos 14 años. También está incluido en el Apéndice I de la CITES, que prohíbe el comercio internacional de especímenes capturados en la naturaleza.
En El Libro de cocina de los Antropólogos (1977), Jessica Kuper señaló la importancia del pa beuk para el pueblo lao y comentó: «En tiempos pasados, este enorme pez, que solo se encuentra en el Mekong, era bastante abundante, pero en los últimos años, el número tomado anualmente ha disminuido a cuarenta, treinta o veinte, y quizás en 1976 incluso menos. Esto es triste, ya que es un pez noble y misterioso, venerado por los lao.»En el año 2000, los pescadores sacaron 11 bagres gigantes. En 2001 atraparon a siete. En 2002 atraparon a solo cinco.
La pesca del bagre gigante del Mekong es ilegal en la naturaleza en Tailandia, Laos y Camboya, pero las prohibiciones parecen ser ineficaces y el pez continúa siendo capturado en los tres países. Sin embargo, en reconocimiento de la amenaza para la especie, casi 60 pescadores tailandeses acordaron dejar de capturar el bagre en peligro de extinción en junio de 2006, para conmemorar el 60 aniversario de la ascensión de Bhumibol Adulyadej al trono de Tailandia. Tailandia es el único país que permite la pesca de poblaciones privadas de bagre gigante del Mekong. Esto ayuda a salvar la especie, ya que los lagos compran los alevines del programa de cría del gobierno, generando ingresos adicionales que permiten que el programa de cría funcione. Los lagos de pesca, como Bueng Samran (Bangkokราา) en Bangkok, tienen especies de hasta 140 kg (310 lb). El tamaño más común desembarcado es de 18 kg (40 lb), aunque algunas compañías se especializan en desembarcar los peces más grandes.
La especie necesita alcanzar los 50-70 kg (110-150 lb) para reproducirse, y no se reproduce en lagos. El Departamento de Pesca de Tailandia ha establecido un programa de cría para repoblar el río Mekong. De 2000 a 2003, las autoridades tailandesas liberaron unos 10.000 especímenes criados en cautividad. Los especímenes se liberan en embalses en lugar del río Mekong en sí.
El bagre gigante del Mekong se describe como un ejemplo contemporáneo de sobreexplotación. En Camboya se capturan millones de toneladas de pescado cada año, y se sobreexplotan los peces de desove. La fragmentación causada por las presas plantea cada vez más amenazas para los peces larvarios. Se prevé que las tendencias en el uso del agua, la producción y el consumo de energía y la degradación ambiental asociada seguirán aumentando en el Asia sudoriental. Los bagres gigantes del Mekong son altamente migratorios y requieren grandes extensiones de río para viajes estacionales y condiciones ambientales específicas en sus áreas de desove y reproducción.
El Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF) trabaja en asociación con otras organizaciones, incluida la Comisión del Río Mekong y el Banco Asiático de Desarrollo, cuyo objetivo es garantizar que se tengan en cuenta los impactos ambientales y sociales en el desarrollo de infraestructuras hidroeléctricas. También ejecuta proyectos dedicados a la conservación, la investigación, el monitoreo y la sensibilización sobre el bagre gigante del Mekong.