Prueba de complementación, también llamada prueba cis-trans, en genética, prueba para determinar si dos mutaciones asociadas con un fenotipo específico representan dos formas diferentes del mismo gen (alelos) o son variaciones de dos genes diferentes. La prueba de complementación es relevante para los rasgos recesivos (rasgos normalmente no presentes en el fenotipo debido al enmascaramiento de un alelo dominante). En los casos en que dos organismos padres portan dos genes mutantes en un estado recesivo homocigoto, causando que el rasgo recesivo se exprese, la prueba de complementación puede determinar si el rasgo recesivo se expresará en la próxima generación.
Cuando se producen dos mutaciones en genes diferentes, se dice que son complementarias, porque la condición heterocigota rescata la función que de otro modo se perdería en el estado recesivo homocigótico. Por lo tanto, el término prueba de complementación se usa para describir el proceso para probar la función génica en el alelismo recesivo. El nombre alternativo prueba cis-trans describe los dos componentes centrales de la prueba. Los términos cis y trans se refieren a la relación de las dos mutaciones, con cis usado para describir mutaciones que ocurren en el mismo cromosoma y trans usado para describir mutaciones que ocurren en diferentes cromosomas. La parte cis de la prueba de complementación actúa esencialmente como un control e implica la creación de heterocigotos (un cromosoma mutado y un cromosoma de tipo salvaje, o normal) de modo que uno de los progenitores tenga ambas mutaciones. En la prueba de cis, siempre se produce una proteína funcional, independientemente de si ambas mutaciones están en el mismo gen o en genes diferentes. La prueba trans implica la creación de heterocigotos con diferentes mutaciones de diferentes padres. En este caso, una proteína funcional se produce solo si las mutaciones están en genes diferentes.